随后，记者再次赶赴古城西安对此事进行了采访。令人不解的是，当地相关部门并没有针对记者的采访提问作出明确答复。
合法手续被否认
在古城西安长安区90年代，西安市长安县(今长安区)为开发县城，吸引社会资金并鼓励社会投资，在此背景下，碧源商厦拔地而起。
十余年后，却出现了一个“官民利益之争”的怪事：一个有委托征地协议、计委准予建设文件、政府部门的会议文件、土地管理部门出具说明证实土地手续正在办理之中，要求各政府部门办理各项基建手续。
随后长安区人民政府各职能部门均办理了建设用地规划许可证、建筑工程施工许可证，并经竣工验收合格投入使用的商贸楼，居然十五年后被当地相关部门认定为“违法建筑”、“非法占用耕地”。
“投资建设碧源商厦是在当地政府的倡导下的合法投资，当时土地管理局出具‘土地手续正在办理之中’的手续，要求各职能部门为我办理规划、开工、竣工验收等手续，随后各职能部门为我办理了招投标、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建设工程施工许可证、竣工验收手续等，为什么现在就成了非法占用耕地呢？如果是我非法占用耕地，那之前政府给我办理的各项手续如何解释？难道也是违法的？”王来祥始终强调其投资行为的合法性，并向中国网记者出示其碧源商厦竣工仪式上长安县(今长安区)政府相关领导出席庆典的视频资料。
上述视频中显示，当时政府有关领导均登台并发表了讲话，对王来祥的投资行为进行了肯定，并鼓励大家向王来祥同志学习。
“一个具有合法手续的商贸楼被认定为违法建筑、非法占用耕地要求被强行拆除，其法律依据和法律事实何在？又为什么强拆以后才签订协议？”这个疑问始终萦绕在王来祥夫妇心头。
而记者对此向长安区政府提问时，相关部门人员至今未能作出合理解释。但中国网记者从西安市政府法制办某领导处了解到如下情况，
“是504所为了美化周围环境，与长安区政府协商拆迁这个地方(即碧源商厦)，当时504所就把钱(拆迁补偿款)给了长安区，说愿意补偿。当时市国土局下的一个处罚决定，说要拆除王来祥的房子，并限定了多久时间拆除。这个事情具体是谁操办的呢？主要是长安区政府，国土局不是一个独立的主体，长安区政府，国土局都是亲自来做这个事情。”
强拆之后无人担责
在未与投资商王来祥夫妇签订补偿协议的情况下，碧源商厦在深夜遭强行拆除，在王来祥报案后，既没有公安机关立案，也没有相关部门的合理解释，更为蹊跷的是，相关部门在其被拆后，按照“残楼价”与王来祥签订补偿协议。
在这之前，这个拥有合法手续的商务楼则被相关部门定性为“非法占用耕地”，并被要求自行拆除非法占地上新建的建筑物及其他设施，恢复土地原状。
投资商王来祥夫妇向记者反映称，“2011年3月24日深夜，碧源商厦在没有接到任何通知的情况下，被强行拆除大部分，令商厦失去了商业用途。”而在此前一周，西安市政府法制局对于拆除碧源商厦一事，下发了《西安市人民政府停止具体行政行为通知书》。
据投资商王来祥夫妇提供的《西安市人民政府停止具体行政行为通知书》中显示，“经审查，本机关认为：本案标的物价值巨大且案情复杂，先行执行可能对当事人合法权益造成无法弥补的损失，根据《中华人民共和国行政复议法》第二十一条的规定，决定自2010年12月16日起至做出行政复议决定之日，停止该具体行政行为的执行。”
“由于长安区政府尚未与碧源商厦达成拆迁补偿协议，我们本着公平中立的原则下发了这份通知给西安市国土资源局，再由西安市国土资源局转给长安区政府和长安区国土局等部门。”西安市政府法制局行政复议科工作人员接受记者采访时表示，“但没想到的是，通知下发不就，碧源商厦就被拆了，我们对此事也感到很震惊。”
不过，中国网记者在采访中，对于碧源商厦深夜被强拆一事，长安区政府及长安区土地局等相关部门人员均向记者表示并不知情。
“我们也对此事进行过调查了解，但是长安区政府和长安区土地局都不承认是他们拆迁的，而王来祥本人也没能提供出证据，至今我们也说不清楚是谁拆的。”上述西安市政府法制局工作人员表示。
“合法与违法”的争议
“我建设商贸楼是出于对政府的信任，才积极响应政府号召，委托长安县文管办在西区征地、进行投资，所以我的投资权益应当受到保护。但是没有想到现在我成了违法建筑者，不但四处碰壁，还屡遭威胁。”王来祥说。
“当时投资建设碧源商厦是合法的，为什么现在就成了非法占用耕地呢？如果是我非法占用耕地，那之前政府给我办理的各项手续如何解释？难道也是违法的？”王来祥始终强调其投资行为的合法性，
王来祥认为，商贸楼项目经当时的长安县计委批准后，他及时委托长安县文管办缴纳了用地费，已经履行了使用国有土地进行建设的全部义务，但由于西安国土局及长安区政府的行政不作为，使得自己至今无法取得土地使用证。此外，在办理建设手续时，长安县土地局也书面证明“建设用地手续正在办理之中”。
“1996年至2001年间，长安县政府号召对‘西区’投资，当时这个地方是远离村庄、满目荒凉。在那个背景下，我的投资进驻对当时政府而言就像是抓住了宝贝。如今这里已是高楼林立的繁华地带，有区委区政府的办公大楼，西部大学城等，已成为长安区的政治文化教育商贸中心。”
他说，“这个地域的土地由原来的每亩不得超过15万元，升至现在的每亩数百万元，而商贸楼每平米都在1.8万元以上。而我所建商贸楼各项手续齐全，属于合法建筑，根据《物权法》的规定，我早已取得商贸楼的所有权。但是政府对我们补偿标准是什么？碧源商厦2553平方米，按现在商用楼的价格每平米1.8万计算，价值4595.4万元；再加上附属建筑用房、征用土地、租用土地、其他设施投资等各项损失累计达5818.4万元。”
“在当时的情况下，换做任何人都得签字，不签字的话，可能一分钱都拿不到。房子已经给拆掉一大半，原来政府同意支付1200万的赔偿我们都没有同意，为何要接受820万？”王来祥表示，当时全家遭到人身胁迫。
相关部门未有明确答复
既然西安市政府法制局书面通知西安市国土局长安分局和长安区政府，复议期间中止执行。为什么有关方面仍组织了强拆呢？
记者来到长安区政府办公室，想就就此问题做一个采访，工作人员让记者等候，但是许久未能等到相关人员出面接受记者的采访。
随后记者来到文宗局，又被要求去宣传部。经宣传部协调，等了两个多小时以后才见到了张局长，针对记者提出的问题，他表示：自己才调来不久，许多具体的事情不是很清楚，无法回答记者的问题。
随后拿来一份“西安市长安区政府办公室给中国网的传真回复”(中国网曾经针对此事做过《长安区“招商”与“毁商”的背后》一篇报道)，上面说“2011年至今，乙方(王来祥)按照约定，法人及涉及人员从未向任何政府部门提出异议。”
不过张局长明确告诉记者：王来祥确实多次发信函要求自己处理此事，自己也向上级部门汇报过此事。
临离开时，他们表示，会针对记者提出的问题给一个文字性的答复。
次日上午，记者来到西安市国土资源局，欲了解原碧源商厦土地方面的情况，该局办公室一位女同志表示：没有土地使用证就是非法建筑。
那么，王来祥已取得的包括长安区建设局办理的《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程竣工验收认证意见书》、西安市建设工程质量监督站长安分站出具《工程竣工验收备案表》在内的政府部门颁发的证件是否全部无效呢？
“长安区所有资料都在长安区，市局无法提供。你们去找长安区。”后，这位女同志拒绝回答记者的问题。